De Pontis onderwijsgroep heeft een gemeenschappelijke medezeggenschapraad (GMR). In de GMR zijn elke van de onder de stichting vallende scholen vertegenwoordigd. In principe wordt Johannes Bosco in de GMR vertegenwoordigd door twee personeelsleden en twee ouders en/of leerlingen. Voor de specifieke onderwerpen op Johannes Bosco loopt de medezeggenschap via de deelraad die bestaat uit 2 ouders, 2 leerlingen, en 4 medewerkers die door respectievelijk ouders, leerlingen en medewerkers zijn gekozen. Ouders kunnen zich rechtstreeks verkiesbaar stellen.